La Universidad Nacional del Altiplano, fue creada con la Ley Nº 406 del 29 de Agosto de 1856, con el nombre de Universidad de San Carlos de Puno, e inició sus actividades académicas en el año 1858 con las facultades de Teología, Jurisprudencia, Medicina, Filosofía y Letras, Matemáticas, y Ciencias Naturales. Posteriormente, luego de 17 años, y al no ser considerado en el Reglamento de Instrucción como consecuencia de la guerra con Chile, suspendió sus actividades.
La reapertura se concretó con la Ley N.º 13516 del 10-02-1961 con el nombre de Universidad Técnica del Altiplano gracias a la gestión del entonces Senador por Puno, Ing. Enrique Torres Belón y siendo Presidente de la República el Dr. Manuel Prado Ugarteche.
La escuela profesional de Ingeniería Agroindustrial fue creada el 05 de agosto del 2016 en vía de regularización que inició sus funciones a partir del 20 de noviembre de 1990, con Resolución Nº 2713-2016-R-UNA y tuvo su primer grupo de estudiantes en el año 1988.
Actualmente la Escuela Profesional de Ingeniería agroindustrial (EPIAI), viene funcionando con dos planes curriculares de estudios, las cuales son; Currículo flexible por competencias 2015-2019 aprobado con Resolución N° 1291-2015-R-UNA del 6 de mayo del 2015, y el Currículo flexible por competencias 2021-2025 debidamente aprobado mediante Resolución Nº 1144-2021-R-UNA del 24 de junio del 2021, que amparan la legalidad de su funcionamiento.
El plan curricular cuenta con diez semestres académicos desarrollados durante cinco años; al final de los estudios académicos y cumpliendo con los requisitos de ley, se otorga el grado académico de BACHILLER EN CIENCIAS AGROINDUSTRIALES, y el título profesional de INGENIERO AGROINDUSTRIAL.